哥吉拉擊敗王者基多拉後過去五年，作為泰坦巨獸之一的金剛近五十多年來居於骷髏島，並由君主組織建立生物圓頂進行全面監視。而島上在此之前所發生的氣候突變，導致本地土著伊維族全數罹難，只有聾啞小女孩吉雅倖存並成為金剛唯一的陪伴，彼此透過手語交流。而多年來研究金剛的人類語言學專家艾琳·安德魯身為吉雅的養母，但始終無法跟金剛正確溝通。與此同時，五年來無動靜的哥吉拉突然襲擊「頂極神經機械企業」（Apex Cybernetics）位於彭薩科拉的工廠，當時潛入工廠中偷盜內部機密文件的陰謀論播主柏尼·海斯目睹全程，逃離過程中看到一架用途不明的大型裝置。高中生麥蒂森·羅素五年前親身經歷過巨獸混戰，不相信她所熟悉的哥吉拉會無緣無故襲擊人類，得知父親馬克忙於災難救援且不願幫忙後，決定瞞著父親招募同伴喬許一同調查襲擊事件的起因.... q' W' B+ R! R' t8 x o
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